Jako generální tajemník „severního výboru“ irácké strany Bás (Obroda) měl al-Madžíd od března 1987 do dubna 1989 pravomoc nad všemi stáními orgány činnými v kurdské oblasti, včetně 1. armádního sboru, 5.armádního sboru, Ústředí veřejné bezpečnosti a Vojenské rozvědky. Toto období zahrnovalo i genocidní kampaň Anfál zaměřenou proti obyvatelům kurdské oblasti. V jednom ze svých rozkazů, vydaném 20.června 1987, nařídil armádním velitelům „provést zvláštní bombardování [tento obrat odkazuje k nasazení chemických zbraní – poznámka H.R.W.] … tak, aby bylo zabito co nejvíce osob zdržujících se … v zakázaných zónách“. [Tak irácký režim obecně nazýval pásmo v rozsahu 5 až 15 km od hranice s Íránem. – Poznámka P.K.]
Operace Anfál dostala jméno podle verše z Koránu [resp. celé 8.súry – poznámka P.K.], který ospravedlňuje zabavování majetku nevěřících. Kampaň začala v době, kdy íránsko-irácká válka z let 1980 až 1988 ubírala na intenzitě. Operace Anfál, kterou řídil al-Madžíd, skončila zavražděním a „zmizením“asi 100 000 civilistů, kteří se neúčastnili bojových operací. Její součástí bylo užití chemických zbraní proti civilistům na desítkách míst, téměř úplné zničení rodinných a občinových majetků, včetně zemědělské a další infrastruktury celého kurdského venkova.
Dokumentace získaná od iráckých zpravodajských služeb ukazuje, že masové vraždy, „zmizení“, nucená přestěhování a jiné zločiny byly prováděny systematickým a vysoce centralizovaným způsobem, pod al-Madžídovým přímým dohledem.
V pozdějších letech zodpovídal Alí Hasan al-Madžíd za iráckou vojenskou okupaci Kuvajtu. Rovněž byl velitelem jednotek, které potlačily lidové povstání na jihu země v březnu 1991. Všechny zmíněné akce byly provázeny popravami, zatýkáním bez právního odůvodnění, „zmizeními“, mučením a jinými projevy brutality.
Podle aktivistů irácké opozice i svědectví uprchlíků hrál al-Madžíd vůdčí roli v tažení proti „Arabům z mokřin“ (Marsh Arabs, Arab al-ahwár) v 90.letech. Zatímco ještě roku 1991 byl jejich počet asi 250 000, v lednu 2003 jich mělo v původních sídlištích žít necelých 40 000. Mnoho z nich bylo zatčeno, „zmizelo“ či bylo popraveno; z většiny z nich se stali uprchlíci v zahraničí nebo na jiných místech v Iráku – to vše v důsledku al-Madžídovy kampaně.